秦岭山区内，在一处刚刚被占据的寨子中，李自成在和手下大将刘宗敏等人商议下一步的行动，由于闯王高迎祥的被俘，整个农民起义军一蹶不振，只有少数残兵在苟延残喘，李自成这边可战之兵只有两千人左右，张献忠更是频频传出和官兵接触的消息，李自成等人对其的信任也在直线下滑，甚至不敢与其部队接触。目前只有凭借复杂的地形和快速的移动来躲避孙传庭、卢象升的围追堵截，手下士兵尽是惶惶不可终日，再这样下去，溃散就成了唯一的结局。
此时一心剿匪的孙传庭收到了张献忠的请降书，书中称希望可以率部来降，成为官军为朝廷治理一方，孙传庭看后本想继续进军消灭张献忠，但做了一番思考后还是派人将这份请降书送交崇祯皇帝，由陛下圣裁。
半个月后，这份请降书送到济南城时，崇祯皇帝看罢便拒绝了张献忠的请降，这次他不会再姑息养奸了，并准备下令让孙传庭将其彻底歼灭。可就在这时，四川贵州等地土司作乱的消息传来，沐王府对于当地的掌控已然没有百年前那样的绝对，各地豪强土司拥兵自重，朝廷在西南的统治只维持着表面的样子，可如今，突然爆发的暴乱使得这份表面上的关系都再也无法维持了，沐王府在缺兵少粮的情况下拼死守护住了大中城池和部分据点，但广大的山区就完全无力维持了，在被各种各样的土司山寨占据后动乱不停，整个西南三省都陷入了水深火热。
崇祯皇帝一直以来极为重视西南地区的改土归流，想要尽快消除土司势力，拉拢可以利用的当地势力，用三年的时间激起极端土司的暴动，再一战而平。这是崇祯皇帝的大战略，不会让任何人和事阻挡，于是崇祯皇帝派出八百里加急，将孙传庭和卢象升二人调去平定西南，顺便把对张献忠的裁决发还，暂且放缓对李自成、张献忠部的围剿。
当孙传庭和卢象升二人接到圣旨后，便当即率部出征，对付李自成、张献忠的任务就交给了总兵官贺人龙，贺人龙作战勇猛但粗暴易怒，且杀戮过多，虽然能令对手胆寒但是却逼得敌军困兽犹斗死不投降，二人相信贺人龙在这里，短时间不会让局势恶化，等二人回归就是农民军残部的终结之日。
只不过孙传庭和卢象升大军杀到西南，才发现西南的局势要想彻底解决，只有一点点的攻城略地，对各土司势力进行蚕食，以官军的优势战力一次又一次的将土司兵击溃和歼灭，彻底从内心让少民胆寒，对皇帝畏威怀德，最终成为一个稳定的大后方。
就在西南战事一点点推进时，李自成正确看出了目前的形势，于是一方面接过“闯王”的大旗，召集各地义军共赴大义，而另一方面让手下率几百人秘密前往河南，劫掠一番从而吸引贺人龙的注意，为自己争取时间。而此时对招安已然绝望的张献忠也在向李自成靠近，准备二人合兵一处展开突围，这贫瘠的山地再也无法养活这么多士兵和家眷了，唯有趁贺人龙不备突出重围，再作打算。
半个月后的一天深夜，李自成趁贺人龙不备，率领手下冲出了山区，化整为零向东行进，而贺人龙则执着于清剿李自成留在原地的百余疑兵，并没有识破李自成的战略意图，而张献忠此时也是让部下化整为零，但目标是川北汉中一带，高迎祥曾经率军将此地的反抗势力大部消灭，而官军在收复这片区域后对此地的地形也不熟悉，加上因为战乱造成的当地民众流离失所，官府不作为甚至乱作为，由此令张献忠觉得此地大有可为。
张献忠占地割据暂且不提，孙传庭、卢象升二人还在云南贵州交界处进军，不顾朝廷军费紧张的催促，对西南土司慢慢蚕食，而这就造成了李自成在短时期内无人约束，一时间李自成部在县城、乡镇一路劫掠，加上提出了“迎闯王，不纳粮”的口号，每到一地均大开官仓分给百姓，一时间从者甚众，短短三个月就发展到了八万人，尽管其中大部分只是乌合之众。
李自成见自己再次拥有了这么庞大的队伍，决定拿下一个大城，在天下间再次打响自己的威名，在仔细的查看一番后，再次选择了一个熟悉的地方——滁州。上次农民军和官军在滁州的大战彻底打废了滁州城，至今都没有完全修补好城墙，而城内的百姓由于上次遭到官军屠杀，对官军是敢怒不敢言。在这种形势下，李自成决定率大军兵出河南，直抵滁州。
而也正是这个决定，使李自成避免了一场硬仗。总督陈奇瑜见河南局势糜烂，贺人龙有勇无谋不屑为伍，于是在奏报了崇祯皇帝后率大军进入河南，正好与李自成擦肩而过，这时陈奇瑜的选择有两个：一是留在河南收复被农民军扫荡过的地方，重建官府统治秩序，二是紧追李自成，寻求主力决战，一举重创击溃这群乌合之众。
在幕僚的建议和陈奇瑜自己的小算盘影响下，他选择了留在河南，大军在不长的时间内扫清了农民军的少量留守部队，可就在这段时间内，李自成大军突袭了滁州城。
滁州城内的官军只有一千人，面对数十倍的乌合之众心有余而力不足，城墙已经是百孔千疮，很多农民军一个跳跃就进了城，经过一昼夜的厮杀后，官军溃散而逃，滁州城再次落入农民军的手中。
李自成没有像高迎祥一样大摆筵席，而是第一时间命人开仓放粮，杀死多数不配合的官宦及城中大户，抄没家产充军，一时间城中百姓纷纷加入农民军，李自成迅速命人联络各地义军前来会盟，在滁州汇聚天下好汉，一时间从者甚众。也就在等待会盟的这一段时间，李自成按照军师牛金星、宋献策的提议，正式组建三军，重金打造一支精锐骑兵，招募匠人进行军械铠甲的打造和装备，一时间滁州城展开了如火如荼的大扩军，原本是乌合之众的部队现在逐渐在朝着一支正规军前进。