滁州城内。
城中的建筑经过一场惨烈的攻防战已经是破败不堪，而城中的百姓在双方的有意规避下伤亡并不算大，城中刚刚准备休息的农民军被卢象升手下的精锐骑兵冲击的猝不及防，大量的裹挟人员溃逃，争相践踏，死伤惨重。而战兵也因过于疲劳难以在夜色中组织起坚固有效的防线，尽管高迎祥手下的闯将们还想死战，但高迎祥意识到大势已去，只好组织残余部队突围，从城北的城墙缺口中逃走，卢象升的部下虽然精锐，但人数较少，况且有心留下缺口避免农民军背水一战，就使得高迎祥等人率三万余人逃出了滁州。
卢象升收复滁州后，第一时间做的是清剿城中的乱军，他深知乱兵一旦脱了军服，便和老百姓没有两样，于是便令大军挨家挨户搜查，有嫌疑者宁可错杀也不放过，就这样整个滁州城的青壮几乎被屠戮一空，不过藏在其中的农民军也被尽数歼灭。在外人看来对百姓下手似乎有些心狠手辣，但慈不掌兵，只有用这样残酷的手段才能遏制农民军如同瘟疫一般的扩散，保证后方的牢固。
此时高迎祥搞清了卢象升的军事部署，突生一计，凤阳作为明朝的皇陵所在，若是能将其掘了，那会给崇祯皇帝带来无法想象的打击，而且凤阳的守军定然不多，可以尝试进攻。于是农民军只好向西赶往凤阳，攻打位于凤阳的明朝皇陵，而令高迎祥意料不到的是，卢象升早就在凤阳留下了一支部队，以逸待劳之下，结果农民军不敢进攻，于是渡江想要夺下怀远。怀远县城兵微将寡，经过半日的激战，农民军攻破怀远。待到卢象升率大军赶到时，农民军早已烧掉房屋，继续往北渡河逃窜。两天后，农民军又攻破灵壁，进而逼向泗州，经过这一路的转战，裹挟之众已达十余万。
只不过还没等抵达泗州，这股屡战屡败的农民军，被明军副将祖大乐两次击败于永城城下，而农民军首领混天王也被明军斩杀，高迎祥等人被迫放弃进攻，转进陕西。
经过历次惨败，农民军人困马乏，目前虽然人数尚多，可前有堵截，后有追兵，形势十分危险，经过一阵思虑，高迎祥命张献忠、李自成向两个方向前进，阻挡两路追兵，而他本人则亲率大军，兵行险招，走了当年三国时期魏延提议的子午道，打算大军突袭西安，夺取一片生存的根据地，只是此时士气低落，人心涣散，究竟能不能安全的潜入西安城附近，就连高迎祥自己也没有底气。
迫于生存压力，高迎祥率军至龙亭，此地为子午道上一个较大居民点。据《元和郡县图志》载：“今洋州东二十里曰龙亭，此入子午谷之路。”龙亭位于汉中平原最东端洋县的川道口处，其东为丘陵山岳地区，其西则是汉中平原区。但是子午道有两条，到底是走新子午道还是旧子午道，又成了令高迎祥犯难的问题，从路程上看，旧子午道要通过四个高点，从西至东，分别是黄金峡大拐弯、饶峰关、蓰阁和秦岭梁。其中秦岭梁地势险要，而黄金峡临黄金水所相邻的锁龙关、铁城戍都有重兵把守。而新子午道则通过三个海拔高点，依次是黄金峡大拐弯、平河梁和秦岭梁，新线比旧线少翻一个高山，而且平河梁地势较为平坦，所以高迎祥决定走新子午道，殊不知这竟成了自寻死路。
随后大军行至三河关受阻，三河关把总陈玠琦拒不投降，且三河关大部分人皆姓陈，宗族势力雄厚，民众一呼百应上城助防，加上关口墙、垛均为石头砌成，地势又利，易守难攻，三水汇合之地又不好布兵。高迎祥率部攻了四天才攻破关口。这时离西安已经不远了，高迎祥仿佛看到了胜利的曙光，而这时李自成和张献忠将卢象升的部队死死挡住了，一时间后方高枕无忧。
经过半日军事商讨后，高迎祥定下了会同李自成共同进攻西安的决策，李自成部为疑兵，佯攻西安，吸引明军主力，而实际上并不参与对西安的进攻，使各部明军疲于奔命，顾此失彼，在战斗中伺机作战。而高迎祥这边则亲率大军，直扑西安。高迎祥率领五万精兵高歌猛进欲攻克西安，结果被孙传庭猜中意图，调集了万余明军设伏于烂泥湖文公庙梁，孙传庭爬上光头山察看，见该处设伏不利于全歼敌军，所以在西边虎豹河谷口、东边涝峪河谷口各派大将守谷，自己率部后撒六十里，设伏于黑水峪口的两岸山上，留出大路让高迎祥部队通过，布了一个大口袋，并且命副将罗尚文领三千精锐，从厚畛子入傥骆道至袁家庄，翻天华山，阻断义军后路。
伴随着密集的炮火，农民军大部身陷口袋阵，意识到中计的高迎祥亲率精锐猛士冲击孙传庭防线，但是地形上的巨大劣势导致农民军始终只能被动挨打，最终见事不可为，高迎祥在溃军中率千余人逃了出去，只可惜还没等其想好去处，天降大雪，断粮又兵微将寡的高迎祥最终被俘，孙传庭大喜之下命人将高迎祥押送回京，按照崇祯皇帝的要求凌迟处死。
被击溃的农民军并没有逃过死亡的命运，除了在战场上死伤的数万人外，剩下的全部农民军和裹挟民众全都被困在光头山上，孙传庭想要彻底解决农民军的问题，于是不接受他们的投降，彻底将这十万人渴死饿死在了光头山上，最后一把火抹净了他们存在于人世间的痕迹。
押送高迎祥回京的囚车多次遭到李自成和张献忠所派的军队营救，但最后高迎祥还是安然送到了北京城，即将迁都的崇祯皇帝根本不想见高迎祥，于是直接下令将高迎祥凌迟处死，高迎祥也是知道自己注定是凌迟的下场，所以也是没说丧气话，欣然赴死，最终千刀之下，闯王高迎祥的时代结束了，能够继承农民军薪火的只有李自成和张献忠了，而这个时候二人已是自身难保，在朝廷的重压之下苟延残喘。