不管封地内轰轰烈烈的民间殖民活动，朱聿键正埋头设计军事改革计划。军队长期没有最高指挥机构，这在初期能够防止军官反叛，但是随着朱聿键的事业扩展，军队没有中央指挥的问题越来越严重。
在经过长期考虑之后，朱聿键又征求了茅元仪等人的意见，决定建立总参谋部。总参谋部设总参谋长一名，暂时由茅元仪担任，副参谋长两名，分别由袁崇焕和孙传庭两人担任。总参谋部作为海陆军作战最高指挥部门只对八贤王负责，统一下达指挥命令，但是具体作战方案由战场主官自行决断。
军校开设参谋系，招收文化程度比较高的学员，大量培养参谋人才。为了陆军将在团级以上设立参谋机关，帮助军事主官进行作战谋划，但是参谋人员只有建议权，不得干预军事主官的指挥。海军则在分舰队级别以上设立参谋机关，权力与陆军相同。
考虑到军官们对朝廷职务的渴望，特制定了各种官职对应从朝廷职衔。其中参谋长和海军舰队提督达到了总兵衔，海军副提督和陆军军长一级是副总兵衔，海军分舰队提督和陆军师长一级为副将衔以此类推。
政务方面的政务院总理孙承宗是布政使衔，这也是朱聿键能封的最大文官了，其他各级也都有封赏，总之整个封地内的军政官员都与朝廷官职有所对应了，这让大家的底气都足了许多。
除了军事指挥问题之外，朱聿键感觉在思想上的问题同样重要。虽然军中和民间都进行了多年的民族主义教育，但是忠君思想仍然深入人心，许多人私下仍然认为皇帝才是国家的最高效忠对象。
在民间这种情况随着宁波日报和大量宣传司直属说书人的出现，慢慢出现了变化，但是在军中却不会受到这些东西的影响。为了加强民族主义教育，将忠君思想变成忠于国家和民族的思想，朱聿键决定在团级以上级别部队设立政治处和政治科，在营级和连级设立宣传委员，专门负责战士的思想教育工作。
经过这样的变化，朱聿键认为可以提高军队的指挥系统效率和思想凝聚力，未来就算崇祯打算对自己不利，他也有了反击的能力。实际上崇祯的种种防备，已经引起了朱聿键的警惕，他在将主要精力放在殖民方面的同时，也开始留出后手，防止皇帝对他的阴谋。
小冰河期的冬季来得很早，秋收之后半个月的海参崴附近，就已经降低到了零度以下，各个堡垒中居住的百姓，出门的次数已经开始变少，只有猎人才会在这样的严寒之中，去狩猎各种动物，因为冬天的皮毛品质是最好的，能够卖出大价钱来。军队同样躲在兵营里，所有在堡垒城头值班的守卫，都有挂着羊皮的厚棉衣，以及值班室和火盆，每人还配发高度红薯酒用于取暖。
比起寒冷的北方各地，南方有着很大优势，因为气温始终处于零度以上，水泥等各种建筑材料的使用丝毫不受影响。同样因为小冰河期的影响，南方比后世的温度要低一些，冬季无法再种植农作物了，但农民们却不会闲着。