就在朝鲜君臣还在紧张的部署南汉山城资源调配的时候，一个噩耗传来，平壤丢了！顿时整个朝堂一片混乱，好不容易在李倧的怒吼声中勉强平静了下来，询问信使才知道清军一到平壤就开始了攻城，尽管平壤城防坚固，可终究没有抗住八旗士兵的轮番进攻，随着攻城战转变成了城墙上的厮杀，一两日的功夫平壤守军就已经溃不成军，等到朝堂得到消息的这会，城中的朝鲜军队应该已经全军覆没，大概清军清扫完平壤周边的残兵败将后，下一个目标就是众人所在的汉城了吧。
李倧静静的坐在那里一言不发，而气氛却越发的紧张，这时金尚宪提议由他率勤王军在汉城和清军决战，尽管胜算不大，但只要能拖住清军，清军就势必会认真思考征服朝鲜的代价，最终目标是将全部清军赶出朝鲜。而心思更为缜密的主政大臣崔鸣吉则认为与清军作战胜算极低，应当派人谈判争取付出一定代价保存国祚，两派均有多位大臣支持，而李倧在认真思考后选择派人和清军谈判，若是能有好的结果自己也不至于再跑到山上去了，就这样一边加紧对南汉山城的兵源物资调配，一边命特使尽可能拖延多尔衮进攻的步伐。
只可惜，李倧的如意算盘骗不了多尔衮，第一时间就被识破，提出了李倧不可能答应的条件，李倧看到竟然有让自己退位重新选择一名满人来做朝鲜国王的条款，气的立刻大骂多尔衮，等冷静下来后也意识到这是多尔衮在故意耍自己，又想到多尔衮的大军一定已经开始朝自己开拔了，赶忙让人抓紧收拾，带上军民一起出逃南汉山城。
这南汉山城是在李倧即位初期爆发叛乱时，，叛军轻而易举地突破京畿地区的防御网，占领汉城，李倧南逃公州。叛乱平息后，朝鲜朝廷决定加强汉城的防御。当时许多人说，应该在汉城附近修一个君王可以立即避难的山城，以备紧急事态的发生。领议政李元翼和赞臣李贵倡议修建南汉山城。于是仁祖就在第二年命人负责南汉山城的营建。南汉山城改筑工程从1624年八月开始动工，到1626年七月竣工。南汉山城内周6297步，外城7295步，设近两千垛女墙、5个瓮城、115个城廊、4个城门、16个暗门，城内设置80处井、45处泉。之后，将广州牧的治所迁往南汉山城内，山城内建起了更多的官府建筑以及行宫。南汉山城遂成为当时朝鲜山城中规模最大、设施最完善的城堡，汉城周边的首都防御机制也得到了完善。后来还动员京畿地区的百姓开垦屯田，收获数万石粮食，储存在南汉山城的仓库里并制造和储存了刀、枪、弓等大量军需物资。李倧对南汉山城十分满意，还特意为此处派遣了精锐驻军，设前、左、中、右、后5营，前营守东城墙，左营守北城墙，后营守西城墙。在南汉山城内，东、西、南、北各营将领指挥的地方各设将台，前营将驻南将台，中营将驻北将台，后、左营将驻东将台，右营将驻西将台，城内有守御军1.27万人，看上去实力雄厚，易守难攻。
等到李倧率文武百官入驻南汉山城后才发现一个很重要的遗漏，山城屯粮地点为了减少损耗而选在了山下，倘若多尔衮大军打来，山下将会被直接占领，绝无幸免的可能。发觉大事不好的山城军民立即星夜从山下搬运粮食，同时为了减少粮食消耗，金尚宪将大批民众疏散到后方，最终在清军到来之际，山中粮草可供应三万军民吃两个月的时间。
不出李倧所料，就在南汉山城尚未完全安定之时，汉城不出意外的陷落了，本就不多的守军并没能挡住清军的铁蹄，只是在多尔衮从占领汉城的喜悦中如梦方醒后，便让先锋官率五千清军直逼南汉山城。此时，两国真正的大战才刚刚开始。
先是清军趁着锐气一鼓作气的猛攻，拿下了南汉山城外围不少的防御工事，第一波接触中朝鲜军队险些溃不成军，好在有着地利的优势，只被斩杀两百余人，其余人还是逃回了山城，这一战打破了朝鲜君臣对朝鲜军队过高的自信，李倧等人决定死守山城要塞，不再主动出击，而下面的清军在大部队没来之前也没有足够的兵力对南汉山城发起大规模进攻，这些日子双方就只有对峙，都在等待后方的增援。
只可惜这一点上双方有着天差地别，清军的大军很快就到了，并完成了对南汉山城的围困，而被李倧寄予厚望的朝鲜援军，却是迟迟不敢前来，对于和清军作战他们是一点信心都没，只看远远观望，这下可就苦了南汉山城内的朝鲜君臣，在拼尽全力打退了几次清军的进攻后，粮食的消耗已经过半，在这种情况下，李倧十分无奈，是继续坚守还是投降令他非常煎熬，倘若有一线生机，他也绝不会投降，就在此时金尚宪提出了一条突围的战术，李倧有病乱投医就让大军突围，可是连续两次都被杀得尸横遍野，始终无法突破清军的包围，朝鲜军队的士气可谓是一落千丈，再也经受不住任何的打击了。
这时压倒骆驼的最后一根稻草出现了，原先徘徊在附近的援军被清军分兵击溃，这下连理论上的希望都消失不见了，李倧只得命崔鸣吉前往投降，接受清军的全部条件。从此刻起，李氏朝鲜正式成为大清帝国的臣属。至此，皇太极已经完成了漠南蒙古和辽东的整合，南汉山城一战又彻底打服了朝鲜半岛，此时的朝鲜王国实际上已经被清国掌控了命脉，尽管还有着对大明的藩属之心，但却有心无力。
这一战标志着皇太极可以聚集全部力量专心对付明军，逐渐激化的两国矛盾也将诞生出最绝望的战争，首当其冲的东江镇和关宁锦防线此时则是瑟瑟发抖，不知哪个会先面对皇太极的进犯，而中原地区李自成、张献忠的农民军也在不断发展壮大，整个大明朝越来越找不到前进的方向的，崇祯皇帝面对这种局面也只能无奈的叹息，只能更加相信各地的将领能给他带来好消息，自己还是不要胡乱插手。