正是因为数量够多，朝廷对水战有着极大的信心，所以他们一次性全部投入到了对唐军长江舰队的攻击中。就在刘闯率领五艘铁甲舰前往武汉之后，朝廷与唐军的水战开始了。
尽管自身只有十五艘，但全身覆盖铁甲的舰队却毫不畏惧的主动迎战。朝廷的水师战船因为结构不算结实，所以大多只在船首安置一门红衣大炮或者佛朗机炮，威力也在千斤和三千斤之间。
这些已经落后的火炮，注定会被时代所淘汰，当他们的炮弹落在铁甲舰上的时候，直接就会被铁甲弹开，根本无法造成更大的伤害，而唐军铁甲舰的炮火，却几乎是一炮就能摧毁对方。
这样的战斗是一边倒的，尤其是奉化江号、大塘河号和飞云江号都有水下撞角，他们仗着皮糙肉厚不怕火炮的特点，直接冲入对方的舰队中，依靠强大的蒸汽机动力，撞得朝廷战船纷纷破碎，极大的搅乱了朝廷水师的队形。
战斗仅仅经历了三个小时，朝廷水师就全军覆没了，三千多水师官兵，除了六百多战死，三百多人逃走之外，剩下的两千多人都成为了俘虏。消灭了朝廷水师，唐军完全掌控了长江水道，长江舰队甚至派出五艘火炮口径最大的铁甲舰，上溯到南京城外，进行了一次对城墙的炮击。
“唐军已经逼近，诸位大人以为当如何应对？”弘光帝朱由崧听到炮声已经快被吓死了，他连忙召集全体大臣议事。
“臣以为当召江北四镇勤王，击退唐军叛逆。”张慎言当先说道。这个老头子也算是运气好，因为惹怒了崇祯而遭到发配应天府，结果如今在南京他又登上了右都御史的职位。
“不可。江北四镇需防备清军南下，如果将其全部抽调万一清军从北方而来如何抵挡？更何况江北四镇皆是步兵，如今江面被唐军控制，他们又如何渡江？”兵部尚书史可法当即反对道。
“我看还是先让马士英大人回来再说，至少兵力多一些。”户部尚书姜曰广提议道。
“也只好如此，只是唐军水师太过厉害，我们又当如何应对？”朱由崧点头问道。
“不如设拦江铁索。”阮大铖也没有办法，结果只能把水师作战很传统的一种作战方法说了出来。
“试试看吧，或许有用。”史可法也不确定是否可行，实际上他也并不懂军事，尤其不擅长水战。
兵部很快发出文书，急召马士英返回救驾，与此同时左良玉也给儿子左梦庚发出了差不多的消息。当五艘铁甲舰抵达了武汉江面，这个被江水分割成三部分的城市已经没办法防守了。
第二天早上，田见秀依靠五艘铁甲舰完全掌控江面的机会，利用大量小船在汉江上搭起了浮桥。有了这条沟通汉江两岸的浮桥，汉阳已经守不下去了，不过左良玉还不甘心。武汉的繁华难以割舍，更何况这几天时间已经让各地军队陆续汇集到武汉，此时左良玉手中还有近四万人，足够他拼上一次。
逃回的马士秀被左良玉指定负责汉阳保卫战，他所拥有的是近两万守军。有了这么多人，马士秀有有了些许底气，他很快利用此处的地形，积极部署防守阵地。