这一战的胜利是决定性的，当狮城的阿方索总督和奎瓦总督得知本土援军舰队刚刚抵达就被全歼，尼德兰残余的亚洲舰队也选择了投降，他们已经彻底绝望了。在接下来的战斗中，西班牙和葡萄牙联军毫无斗志，被装备精良的唐军第一师打得节节败退，最终不得不举手投降让出了狮城，而位于马六甲海峡要塞内的葡萄牙守军见到总督都投降了，他们也不得不选择了投降。
马六甲要塞的失守，标志着整个东南亚海域遭到了唐军封锁，尼德兰人的香料群岛陷落只是时间问题，只不过明唐海军的最后准备工作尚未完成，尼德兰东印度公司的高层尚有一线喘息之机。
遭遇重创的第一战队选择了返航，他们要重新修补船体补充人员，而补充过来的第二战队和第三战队将接替他们驻守马六甲海峡，以监视巴达维亚的尼德兰人。张名振的宁波号铁甲舰同样选择了返航，这是它的第一次海战，虽然看上去所向无敌，但内部结构却出现了部分损伤。
根据随船工程师的检查，认为是铁甲直接铆接在木质船板上，造成了炮弹巨大的力度传导需要木制船壳支撑。虽然表面上钢甲毫无问题，但实际上如果承受了更多的炮弹，钢甲就算完好无损，内部结构也有可能遭到毁灭性破坏。
实际上这样的情况无可厚非，在平常的海战中，战舰一旦遭遇炮击，炮弹会击破侧舷船板而过，大部分的冲击力将随着船板的破碎而消减，但有了钢甲之后，所有的冲击力都需要船体吸收，这让木制船身难以支撑，所以才造成了这种情况。
船体出现问题的情况，在舰队抵达金兰湾之后，就利用有线电报通知了三门湾军港。接到这个消息的军用造船厂紧急停止了四艘三号战船的建造，准备等到彻底研究宁波号铁甲舰的损伤情况之后，对设计进行彻底的改造，然后再继续建造。
舰体设计的失误，吴峰和徐骥都感到非常惭愧，两人甚至到朱聿键面前请罪。对于这件事情的发生，朱聿键却没有太过苛责，他将两人好言安慰了一番，并未进行惩罚。朱聿键很清楚一种颠覆性的军事变革，必然有诸多的不成熟，而改进这些地方的过程，就是完善变革的过程，这是急不来的。
反正欧洲支援舰队被摧毁，大明海域的危机暂时解除，仅凭那些风帆战舰也同样可以应付当前的局面，建造铁甲舰就不再那么迫切了。对于朱聿键的宽容，吴峰和徐骥感动莫名，他们表示要尽快找出问题所在，建造出更加完善的战舰，以报答八贤王知遇之恩。
亚洲的情况暂时安稳下来，美洲的大战却在如火如荼的进行，这也是西班牙人无法全力对付亚洲的原因之一。在郑彩切断巴拿马地峡之后，工兵部队依靠着钢筋水泥在科隆港和巴拿马港都修建了坚固的工事，同时将宝船上的六公斤舰炮安装到炮台上，在港口内外形成了绵密的火力，让西班牙舰队望而生畏。
在占据了地峡之后，新西班牙总督区和秘鲁总督区的联系被切断，随着新西班牙总督区几乎被南下的刘芳亮所部吞并，西班牙国内利益受损的贵族阶层越来越不满，纷纷要求国王夺回殖民地，腓力四世不得不从国内抽调部分兵力前往秘鲁总督区，希望能够借助那里的力量反攻新西班牙总督区。