在推出各种法律的同时，朱聿键将封地内的整个政府机构组建了起来。为了避嫌，浙南五府的政府机构与北京朝廷不同。朱聿键在政府机构中设立了完全现代名称的政府机构政务院。
政务院的总理暂时由孙承宗担任，负责整体的政务布局，宋献策为副。政务院下设各司，其中最重要的人事司由宋献策执掌，工商司由潘独鳌掌管，民政司由李信管理，不过他在南阳府的期间，则有副司长孙镐也就是孙承宗的七儿子代管。孙承宗的几个儿子都加入了唐王治下，所以这次官员分配中，他们担任了许多重要职务，例如孙承宗三子孙钤管理基建司，次子孙鉁管理农业司，四子孙鋡掌管财政司。
除了这六司之外，有三个部门不归孙承宗管，而是由朱聿键直接管理。第一个就是叫做夜枭的情报司，这是由宋献策兼管的，它除了对外布设间谍网搜集情报之外，还担负着检查内部贪腐情况的任务。只不过这个部门没有执法权，只能搜集情报并上报给宋献策和朱聿键。
对于内部贪腐部门，以及地方其他案件的审理则由张书堂为尊的最高法院执行。这个部门由原来各地推官、仵作和部分衙役组成，并掌管各地的监狱和狱卒。这个最高法院下设许多基层法院，分布在各个府城用于日常断案，所有的法院都归朱聿键直接负责，可以说朱聿键凭借这个部门，做到了司法独立。
最后一个机关就是公安司了，这个司的司长很特殊，是由原本特种部队教官之一的蒋发担任。这个人心思细密而冷酷，头脑灵活而能变通，主持维持治安工作非常合适。这样朱聿键就将剩下的所有衙役从官员手中剥离出来，成了专门的公共治安力量。有了公安司这个日常维护治安的暴力机构，驻军得以摆脱了维持治安的负担，成了随时可以出击的力量。
陆军依然如以前差不多，只不过增设大沽寨守备团，团长由刘体纯这个寨主兼任。此外特种部队拆分成两部分，作为正规特种作战部队的两百人正是确立的名称为血狼团，由陈王廷带领，另外被拆分出来的五十多人更名为铁壁卫，作为保护朱聿键安全的外围防御，由李际遇率领。
朱聿键的内卫，依然是木兰卫担任，只不过如今木兰卫已经发展到了一百多人，正副首领也改成了上官芸清和肖甯两人，郝玉兰直接成了朱聿键的贴身护卫，这明显有假公济私的嫌疑，估计这护卫的贴身范围是全方位无死角的那种。
经过法律和政府部门的颁布，军政双方的职责都变得清晰了起来，而那些原本在各县的小官小吏也都进行了拆分，例如管钱财收税的直接隶属于财政部，管农耕和粮储的归农业部，管修桥补路的归基建部等等，知府和知县从政务大权一把抓，变成了处理日常行政的事务角色，这就避免理他们因为同时掌管法律钱粮等权利，容易造成腐败的问题。
实际上这些小官小吏原本并无多大油水，毕竟真正捞油水的都是知县知府一级的，如今他们同样无法贪污也没什么大不了的，至少薪俸比以前高了数倍，养活一家人不成问题。